Il refettorio è un vano a pianta rettangolare, coperto da volte a crocera. Un documento giunto fino a noi ci testimonia che per coprire il vano fu venduta dalle suore una loro proprietà nel 1451. Gli affreschi che ornano le pareti del refettorio sono dunque successivi a questa data, opera di un pittore locale che è stato variamente identificato con Pietro di Mazzaforte o con Andrea di Cagno. Il ciclo pittorico raffigura una serie di "pasti" del Signore, dal pranzo delle nozze di Cana all'Ultima Cena, alla visita di Gesù a Betania in casa di Lazzaro, Marta e Maria. Originali sono l'interpretazione delle singole scene, elemento nel quale si può ipotizzare una richiesta precisa della committenza. La parete di fondo è occupata dalla scena delle nozze di Cana, dove al centro del quadro sono raffigurati Gesù e Maria, segno dell'unione sponsale del Cristo con la Chiesa, mentre gli sposi sono in una posizione laterale. L'apparecchiatura è quella di una tavola quattrocentesca, con la tipica tovaglia perugina a fasce decorate. L'Ultima Cena occupa una posizione laterale. Gli apostoli sono disposti intorno ad una tavola quadrata e non rettangolare, come è più usuale. L'attenzione è posta così sulla condivisione, sulla convivialità. Ma è la scena della visita a Betania a rivestire un ruolo centrale, occupando ben due quadri. Nel principale si vede Maria inginocchiata ai piedi del Signore, mentre Marta si affaccia alla porta, chiedendo a questi di mandare la sorella ad aiutarla. Gesù è voltato verso di lei e con affetto sembra muoverle le parole del vangelo. " Marta, Marta, tu ti affanni e sei agitata per molte cose, ma una cosa sola è necessaria. Maria ha scelto la parte buona che non le sarà tolta". In genere l'episodio viene letto come l'espressione della superiorità della vita contemplativa su quella attiva. A Sant'Anna però è Marta la vera protagonista, che compare anche nella bellissima scena nella quale pulisce il pesce in cucina. Le suore volevano sottolineare l'importanza del servizio di Marta, quando è fatto per il Regno di Dio ed è illuminato dall'ascolto della sua parola (non a caso ella sta cucinando del pesce, che fin dalle origini del cristianesimo indica il nome del Signore).