Il primo impegno della madre Flora fu quello di continuare l’opera di espansione dell’istituto iniziato da suor Serafica. Il suo primo interesse si rivolse alla vicina Assisi, dove già si era avviato un primo insediamento delle suore con l’affitto di alcuni ambienti in via Sermattei. Venuta a conoscenza che la baronessa Enrica Rosenorn aveva messo in vendita la sua ‘palazzina al prato’, madre Flora, superando i vari intralci burocratici che le leggi eversive vigenti in Italia frapponevano, trattò l’acquisto dell’immobile di cui l’Istituto diverrà proprietario con atto ufficiale del 9 maggio 1914. La casa accoglieva le giovani suore studenti e le educande che frequentavano l’Istituto magistrale statale, ancora inesistente in Foligno.

Nello stesso anno, il 1° ottobre, apre una casa in Anzio, prendendo in affitto la villa ‘Adele’, dove temporaneamente trasferisce il noviziato. Non potrà realizzarne l’acquisto, pur desiderandolo vivamente, per l’esosità del prezzo richiesto dai proprietari, pertanto sarà costretta a ripiegare su un villino, che diverrà proprietà dell’Istituto nel novembre 1917. Qui le suore si dedicheranno soprattutto alla scuola.

Il nuovo corso di vita inaugurato nel 1903, con il passaggio dalla vita claustrale a quella apostolica, richiede un nuovo Statuto e un Direttorio di vita interna in cui vengano fissati linee e criteri precisi allo scopo di conservare le antiche tradizioni accordandole con le esigenze della vita apostolica, e di uniformare la vita delle diverse comunità che andavano sorgendo.
L’anno 1914 vede suor Flora vivamente impegnata particolarmente in quest’opera e nelle pratiche per ottenere il riconoscimento pontificio dell’Istituto. È sostenuta dal cardinale Agliardi, da alcuni consultori della santa Sede, ma trova un certa opposizione nel vescovo Gusmini di Foligno il quale, per l’Istituto delle Terziarie della Beata Angelina, non ritiene maturi i tempi perché faccia parte di quelli “approvati dalla somma autorità della Chiesa”.
La madre, tuttavia, è determinata ad ottenere quanto si è prefisso; chiede allo scopo la preghiera alle sue suore, alle alunne, ai tanti amici e, insieme alle sue figlie, s’impone sacrifici e rinunce. E si muove. Per la stesura del nuovo Statuto avrà l’aiuto e la competenza di due sacerdoti, il domenicano Luigi Grifoni e padre Ladislao Marszalkievicz, resurrezionista, entrambi consultori in Vaticano. Per questi sacerdoti madre Flora serberà a lungo un grato ricordo, che esprimerà anche nei suoi appunti personali.
Il 29 maggio 1915 il cardinale Ottavio Cagiano de Azevedo, succeduto come Protettore dell’Istituto al cardinale Agliardi, comunica alla madre l’approvazione delle Costituzioni ad experimentum per un settennio. A partire da questa data l’antica comunità di Sant’Anna viene configurata come Istituto delle Terziarie Francescane della Beata Angelina, di diritto pontificio, con un governo proprio, a capo del quale è la superiora generale. Nello stesso anno madre Flora, eletta regolarmente moderatrice generale, d’accordo con le sue consigliere si accinse subito a comporre il Direttorio di vita, che vedrà la luce il 4 ottobre 1927, lo stesso giorno dell’approvazione della Regola del Terz’ordine regolare, con il titolo di Catechismo della terziaria francescana della Beata Angelina (1915-1927), quando già era avvenuta l’approvazione definitiva delle Costituzioni nel 1923. La sede generalizia dell’Istituto sarà trasferita a Roma con Rescritto della santa Sede il 19 agosto 1932.

Nel corso di questi anni madre Flora aveva aperto altre case: a Belfiore di Foligno, nel 1920; a Roma, nel 1925; e, più tardi, a Villastrada di Cingoli, nel 1934, a Collevecchio (Rieti), nel 1936, a Valtopina (Perugia) nel 1938. Favorì, inoltre, la fusione con il nostro Istituto delle Terziarie francescane di Viterbo e di Amelia, nel 1920, e quella delle Terziarie di Cingoli, nel 1932, in seguito alla richiesta fatta esplicitamente dai rispettivi Vescovi.
L’attività prevalente sarà, anche in queste case, quella educativa con scuole, collegi, orfanotrofi. Nel 1925 ebbe la gioia insieme con le sue suore di vedere rientrare nella proprietà dell’Istituto il monastero di Sant’Anna-casa madre. che fu riacquistato il 3 febbraio 1925, quando suor Maria Gabriella Ciravegna, in seguito alla morte del padre, il conte Matteo, ebbe una consistente eredità in denaro.

Madre Flora Guancini, rimasta in carica quattro sessenni, dal 1915 al 1939, anno della morte, per l’azione provvidenzialmente da lei svolta nel riportare l’istituto alla vita apostolica delle origini, è considerata seconda fondatrice.